芹菜以其独特芳香赢得人们的青睐，营养丰富，有良好的保健功效，被赞为“菜之美者”。然而食用时须注意：
《本草汇言》载：“脾胃虚弱，中气寒乏者禁食之。”由于芹菜性凉质滑，故脾胃虚寒，腹痛腹泻者不宜多食。
芹菜有降血压作用，血压偏低者不宜多食。
据报道，国外有医生经过实验发现，男性多吃芹菜会抑制雄性激素的生成，影响生育，此种情况在停止食用芹菜后数月又可恢复正常，故生育期男性不宜多食。
芹菜属光敏性强的蔬菜，食之过多，容易导致光敏性物质在体内增加，此时如果照射强光，就会和日光发生反应，引起日光性皮炎等皮肤炎症。
芹菜含少量呋喃香豆素，易引起皮炎，若受霉菌感染，则含量快速升高。经常或大量接触者，手臂及指间往往发生疱疹性皮炎，但并未构成公害，只需产区菜农注意即可。至于癞疥患者，最好勿食。
芹菜应茎叶同食。据研究，芹菜叶100%可供食用，其中的营养成分，如蛋白质、脂肪、碳水化合物、膳食纤维、各种维生素以及锰、锌、铜、磷、硒等微量元素的含量均高于茎，产热量为茎的1.6倍。芹菜叶的蛋白质十分丰富，超过大多数瓜类菜，萝卜、藕、竹笋等根茎类菜，大白菜、小白菜、油菜、菜花等叶花类菜以及 茄子、柿子椒、番茄等茄果类菜。芹菜叶的营养优势在于其中的胡萝卜素和维生素E，前者仅次于胡萝卜、冬寒菜、芥蓝，后者略逊于豇豆、金针菜、枸杞菜，在百蔬中名列前茅。因此，不可丢弃叶茎。
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